MR-BioCore 3D | اطلس مراجع جهانی ساختار مولکولی

پایگاه‌های فوق‌تخصصی پروتئین‌ها، ویروس‌ها، اسیدهای نوکلئیک و آنزیم‌ها Bilingual Hub دوزبانه

ساخته محقق میکروب‌شناسی

مدل‌های میکروب‌شناسی و بیوفیلم

Microbial, Biofilm & Pathogen 3D Models

ساختارهای ۳بعدی پروتئین‌های پاتوژنیک، فاکتورهای مهار بیوفیلم (مانند OmpA در اسینتوباکتر) و تارگت‌های ضدمیکروبی بازسازی‌شده.

Curated 3D models of bacterial virulence factors, biofilm-related complexes, and antimicrobial targets developed by Mohammad Reza Rahimi.

حوزه پژوهشی / Fieldباکتری‌شناسی و ویروس‌شناسی
فرمت داده‌ها / FormatPDB / MOL2 / CIF
مشاهده مدل‌های میکروبی
ساخته محقق مولکولی و سلولی

مدل‌های مولکولی و سلولی

Molecular & Cellular Conformations

شبیه‌سازی دینامیک مولکولی، پوزهای داکینگ پروتئین-لیگاند، کانفورماسیون‌های گیرنده‌های سلولی و کمپلکس‌های نوکلئیک‌اسید.

Molecular docking poses, receptor-ligand interactions, and molecular dynamics conformations in cellular bioinformatics.

نوع تحلیل / Analysisداکینگ و دینامیک مولکولی
فرمت فایل‌ها / FormatPDBQT / SDF / MOL2
مشاهده مدل‌های سلولی
ساخته محقق آزمایشگاه تشخیصی

مدل‌های آزمایشگاهی و تشخیصی

Diagnostic & Lab Research Models

طرح‌های ۳بعدی بیوسنسورها، سیستم‌های شناسایی تشخیصی، نانوذرات کونژوگه و پلتفرم‌های ارزیابی سنجش‌های آزمایشگاهی.

3D structural representations of diagnostic biosensors, conjugate nanoparticles, and experimental lab assay systems.

کاربرد / Applicationتجهیزات و متدهای تشخیصی
فرمت فایل‌ها / FormatPDB / STL / OBJ
مشاهده مدل‌های تشخیصی
پروتئین‌ها ویروس‌ها آنزیم

بانک داده پروتئین آمریکا (RCSB PDB)

RCSB Protein Data Bank — Global Archive

مرجع مادر جهانی برای ساختارهای سه‌بعدی کریستالوگرافی اشعه ایکس، NMR و Cryo-EM انواع پروتئین‌ها، ویروس‌ها و کمپلکس‌های زیستی با شناسه PDB.

The primary global open-access repository for 3D atomic structures of biological macromolecules, including viruses, bacterial enzymes, and drug targets.

محتوا / Content+۲۲۰,۰۰۰ ساختار اتمی
فرمت خروجی / OutputPDB, mmCIF, XML
ورود به پایگاه RCSB PDB
هوش مصنوعی پیش‌بینی کامل

پایگاه ساختارهای آلفافولد (AlphaFold DB)

AlphaFold Protein Structure Database (DeepMind / EMBL)

دیتابیس انقلابی هوش مصنوعی با پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی بیش از ۲۰۰ میلیون پروتئین با دقت بسیار بالا معادل روش‌های تجربی.

Over 200 million AI-predicted protein structures covering almost every known sequenced organism with per-residue confidence scores (pLDDT).

دسترسی / Coverageکل پروتئوم انسان و باکتری‌ها
فناوری / EngineAlphaFold 2/3 AI
ورود به پایگاه AlphaFold DB
Cryo-EM کپسید ویروس

بانک داده میکروسکوپ الکترونی (EMDB)

Electron Microscopy Data Bank (Cryo-EM Densities)

مرجع نقشه‌های چگالی حجمی سه‌بعدی برای ویروس‌های غول‌پیکر، ماشین‌های رونویسی و کپسیدهای متقارن ویروسی با میکروسکوپ الکترونی برودتی.

A unified global resource for 3D density maps of macromolecular complexes and subcellular structures derived by Cryo-EM and Cryo-ET.

داده / Data Typeنقشه‌های سه‌بعدی حجم (Density)
مزیت / Featureمشاهده پوشش و غشای کامل ویروسی
ورود به پایگاه EMDB
ویروس‌شناسی آنتی‌ژن‌ها

پایگاه جامع پاتوژن‌های ویروسی (BV-BRC / ViPR)

Bacterial and Viral Bioinformatics Resource Center

پایگاه تخصصی مدل‌های سه‌بعدی و داده‌های ژنومی برای کروناویروس‌ها، آنفولانزا، هپاتیت، فلاوی‌ویروس‌ها و ساختارهای بیماری‌زای پاتوژن‌ها.

Comprehensive database integrating 3D structural data, sequence variants, host interactions, and epitopes for human and animal viral pathogens.

تمرکز / Focusویروس‌های پاتوژنیک و سویه‌ها
ابزارها / Toolsمدل‌سازی اپی‌توپ و اتصالات گیرنده
ورود به مرکز پاتوژن‌های BV-BRC
DNA & RNA ریوبوزوم‌ها

بانک ساختارهای اسید نوکلئیک (NDB)

Nucleic Acid Database (NDB Archive)

تخصصی‌ترین پایگاه جهانی برای ساختارهای سه‌بعدی مارپیچ‌های دوگانه DNA، تاخوردگی‌های پیچیده RNA، ریبوزیم‌ها، آپتامرها و تلوومرها.

Curated repository dedicated to 3D structural information about nucleic acids, complex RNA tertiary structures, and protein-nucleic acid complexes.

مولکول‌ها / MoleculesA/B/Z-DNA، tRNA، Ribozyme
انترکشن / Bindingبرهمکنش با لیگاند و داروهای ضدسرطان
ورود به پایگاه NDB
مکانیسم آنزیمی اتصال لیگاند

پایگاه دانش ساختاری اروپا (PDBe-KB)

Protein Data Bank in Europe Knowledge Base

تجمیع هوشمند داده‌های بیوفیزیکی، جهش‌های دارویی، پاکت‌های اتصال لیگاند (Active Sites) و اثرات عملکردی ساختارهای بیومولکولی.

A community-driven knowledge base integrating macromolecular 3D structures with functional annotations, biophysics, and drug-binding pockets.

ویژگی برتر / Coreنقشه‌برداری جایگاه فعال آنزیم‌ها
ارائه‌دهنده / ProviderEMBL-EBI اروپا
ورود به سامانه PDBe-KB
مهارکننده‌ها لیگاندهای آنتی‌بیوتیک

پایگاه سه‌بعدی مولکول‌های شیمیایی (PubChem 3D)

NCBI PubChem 3D Conformer Repository

مجموعه ساختارهای سه‌بعدی کمینه‌سازی شده آنتی‌بیوتیک‌ها، داروها و لیگاندها جهت داکینگ مولکولی با آنزیم‌های مقاوم باکتریایی و ویروسی.

Theoretical and experimentally derived 3D conformers for millions of chemical compounds, antibiotics, and active pharmaceutical ligands.

موجودی / Molecules+۱۰۰ میلیون صورت‌بندی سه‌بعدی
کاربرد / Use Caseداکینگ مولکولی (Molecular Docking)
ورود به دیتابیس PubChem
همولوژی مدلینگ سوئیس

پایگاه مدل‌سازی همولوژی سوئیس (SWISS-MODEL)

SWISS-MODEL Automated Comparative Modeling

سرور پیشگام انستیتو بیوانفورماتیک سوئیس (SIB) برای ساخت مدل‌های ۳ بعدی بر پایه تشابه توالی و ارزیابی کیفیت ساختار با QMEAN.

Automated structural bioinformatics database providing high-quality homology models for proteomes annotated in UniProtKB.

متدولوژی / Methodمدل‌سازی مقایسه‌ای همولوژی
آنالیز کیفیت / Scoringامتیازهای استاندارد QMEAN / GMQE
ورود به SWISS-MODEL
آسیا و ژاپن نمایشگر وب

بانک داده پروتئین ژاپن (PDBj)

Protein Data Bank Japan & Yorodzu Navigator

شاخه آسیایی کنسرسیوم جهانی wwPDB مجهز به موتور ناوبری فوق‌سریع Yorodzu برای واکاوی بیومولکول‌ها و ویروس‌های نوظهور.

Asian hub of wwPDB maintaining primary structural archives with interactive molecular encyclopedia and advanced surface analyzers.

موتور اختصاصی / EngineYorodzu & Molmil 3D
دسترسی / Consortiumعضو رسمی wwPDB
ورود به پایگاه PDBj